Ponente
Descripción
El uso de metodologías basadas en secuenciación masiva está revolucionando el estudio de la evolución de los genomas virales. Debido a la baja proporción del genoma viral en la muestra se suelen aplicar métodos de enriquecimiento previos a la secuenciación. Un ejemplo de ello es el sistema ARTIC, empleado en SARS-CoV-2, que amplifica el genoma por PCR previo a su secuenciación. En este trabajo, se aplicó un método de enriquecimiento viral basado en el empleo de sondas de captura (Target Enrichment- Twist) que permite la identificación y caracterización genómica de más de 3000 virus respiratorios de RNA y DNA. Se analizaron 22 muestras individuales de hisopados nasofaríngeos/orofaríngeos provenientes de la vigilancia sanitaria del DLSP durante el período de la pandemia (marzo 2020 a enero 2022). Los pacientes, con edades comprendidas entre los 3 meses y 82 años, presentaban infecciones respiratorias (agudas y enfermedad tipo influenza). El análisis bioinformático realizado con la plataforma OneCodex y posterior ensamblaje de referencia con el software Geneious nos permitió obtener genomas completos de varios virus de interés. Además de SARS-CoV-2 (variante Delta y ómicron), se obtuvieron genomas de metapneumovirus (genotipo B1), virus respiratorio sincitial (genotipo BA), rinovirus (A y C), influenza H3N2, parainfluenza, herpesvirus, y un adenovirus humano (serotipo 6). La metagenómica viral y los ensayos basados en sondas de captura representan herramientas poderosas para el estudio de la evolución de virus, desarrollo de estrategias robustas de vigilancia sanitaria, comprensión global de la epidemiología de las enfermedades y su futura prevención. Este tipo de estudios son un complemento ideal de sistemas rápidos de detección que identifiquen a los virus y detecten co-infecciones y co-circulaciones. Junto a buenas estrategias de muestreo, este tipo de estudios se están imponiendo como nuevo estándar para los estudios de dispersión, transmisibilidad y evolución viral.
| Palabras clave | SARS-CoV-2, virus respiratorios, sondas de captura |
|---|---|
| Características de la colaboración | Este trabajo se generó a partir de autor/es y coautor/es clave que comenzaron a colaborar a consecuencia de la pandemia |
| Interdisciplina | Si |
| Interinstitucionalidad | Si |
