Ponentes
Descripción
La aparición de patógenos emergentes hace necesaria la búsqueda de nuevas estrategias para el diseño de vacunas, hecho que fue demostrado por el SARS-CoV-2, apoyadas en el desarrollo de herramientas bioinformáticas.
En este trabajo se hizo la integración de un conjunto de herramientas bioinformáticas: NetMHCIIpan 4.0, NetMHCStabpan, mhcflurry, NetMHC, NetMHCpan y MHCnuggets. Se desarrolló una interfaz Web y un pipeline para la integración de las herramientas de selección de epítopes inmunogénicos. Primero, se seleccionó un conjunto de péptidos utilizando el proteoma de SARS-CoV-2 realizando cortes de 8, 9, 10 y 11 aminoácidos, obteniendo miles de péptidos. Luego, estos fueron filtrados por las herramientas basadas en redes neuronales artificiales, para seleccionar los candidatos; así se seleccionaron los péptidos que cumplieron con la validación de al menos dos de los tres algoritmos utilizados, i.e., candidatos que se unen con alta afinidad a moléculas HLA-I y que hacen parte del haplotipo de HLA-I altamente expresados en la población colombiana.
Haciendo una selección por dos de los tres algoritmos, se generó un total de 2921 péptidos; mientras que con tres algoritmos se obtuvieron 347 péptidos. esto últimos se validaron con una búsqueda en la literatura y se encontró que estos péptidos fueron encontrados por 1, 2 y hasta 7 autores diferentes, lo cual demuestra que existe evidencia biológica publicada que comprueba que las predicciones hechas utilizando el pipeline propuesto conduce a epítopes altamente inmunogénicas. Vale destacar además que la herramienta propuesta fue validada utilizando Mycobacterium tuberculosis como un organismo control.
En conclusión, mediante la integración de herramientas a través de un pipeline bioinformático, hemos podido realizar la selección de antígenos candidatos a vacunas profilácticas para SARS-CoV-2. Este pipeline puede ser muy útil para la selección de epítopes candidatos a vacunas contra otros patógenos.
| Palabras clave | Vacunas, SARS-CoV-2, Bioinformatica, Antigenos, Peptidos |
|---|---|
| Características de la colaboración | Este trabajo se generó a partir de autores y coautores que ya colaboraban antes de la pandemia |
| Interdisciplina | Si |
| Interinstitucionalidad | No |
